Breast cancer modelling with grape seed flavonoids: A molecular docking, molecular dynamics simulation, and density functional theory study

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Manisa Celal Bayar Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, BİYOMÜHENDİSLİK ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2024

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: EZGİ SOYLU

Danışman: DENİZ KARATAŞ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu tezde, üzüm çekirdeği flavonoidlerinin meme kanseri üzerindeki potansiyel etkilerini araştırmak amacıyla moleküler kenetlenme, moleküler dinamik simülasyonları (MDS) ve yoğunluk fonksiyonel teorisi (DFT) kullanılmıştır. Bu tez çalışmasında, meme kanseriyle ilişkili 7UJM (ER), 1R5K (ER), 4IFI (BRCA1) ve 1N0W (BRCA2) olmak üzere dört önemli reseptör hedeflenmiştir. Bu reseptörler, meme kanseri tedavisinde önemli biyomoleküler hedefler olarak seçilmiştir. Moleküler kenetlenme çalışmaları, üzüm çekirdeği flavonoidlerinin ve bilinen anti-kanser ilaçlarının bu reseptörlerle etkileşimlerini incelemek için gerçekleştirilmiştir. Çalışmanın ilk aşamasında, reseptör-ligand kompleksleri arasında en düşük bağlanma enerjisine sahip kompleksler belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar, üzüm çekirdeği flavonoidlerinin, bazı mevcut ilaçlarla karşılaştırıldığında, hedef reseptörlerle güçlü etkileşimler gösterdiğini ortaya koymuştur. Moleküler dinamik simülasyonları, seçilen ligand-reseptör komplekslerinin kararlılığını değerlendirmek amacıyla gerçekleştirilmiştir. Simülasyon sonuçları, flavonoidlerin reseptörlerle stabil kompleksler oluşturduğunu ve bu komplekslerin kararlı olduğunu göstermiştir. Ayrıca, yoğunluk fonksiyonel teorisi (DFT) kullanılarak, bu komplekslerin elektronik özellikleri detaylı bir şekilde incelenmiştir. Sonuç olarak, bu tez çalışması, üzüm çekirdeği flavonoidlerinin meme kanseri tedavisinde potansiyel birer terapötik ajan olarak kullanılabileceğini öne sürmektedir.